Opisuje losy pięciu bohaterów - inżyniera Cyrusa Smith’a, dziennikarza Gedeona Spilett, marynarza Bonawentury Pencroff, nastolatka Harberta Brown’a i służącego Naba. Aby wydostać się z oblężenia miasta Richmond, w którym zostali uwięzieni przez armie Południa podczas wojny Secesyjnej w Stanach Zjednoczonych, bohaterowie powieści postanawiają uciec balonem. Zrywa się huragan, balon zostaje uniesiony nad ocean i rozbija się na bezludnej wyspie.

Rozbitkowie początkowo eksplorują wyspę, by wkrótce z odkrywców przemienić się w kolonizatorów, którzy zasiedlają i ucywilizują dziewiczy ląd. Tajemnicza obecność zdaje się nad nimi czuwać i pomagać im w trudnych, a niekiedy dramatycznych chwilach, jakie przeżyją.

Powieść Tajemnicza wyspa jest ostatnią częścią tak zwanej dużej trylogii vernowskiej, na którą składają się także Dzieci kapitana Granta i Dwadzieścia tysięcy mil podwodnej żeglugi.

Lektura w klasach 4-6 szkoły podstawowej